A Alfândega do Porto foi distinguida pela APCER - Associação Portuguesa de Certificação com o Selo "Covid Safe", tornando-se o primeiro centro de congressos e museu a obter este reconhecimento. 

O distinção atribuida pela APCER garante que o edifício cumpre com todas as medidas de higiene e segurança propostas pelas entidades sanitárias para contenção da propagação da Covid-19. 

O processo de atribuição do selo obriga a uma auditoria externa que avalia a implementação dos procedimentos em mais de 180 requisitos. A Alfândega do Porto mostrou-se à altura da avaliação, tornando-se, assim, no primeiro museu e centro de congressos do país a obter este reconhecimento. Esta medida faz parte da estratégia da organização que pretende devolver a confiança aos visitantes e aos atores do setor e, assim, alavancar a retoma da atividade.